Las Islas Galápagos deben su nombre a la singularidad de sus tortugas, pero han ido cambiando de nombre a lo largo de la historia. No se sabe nada al respecto de sus posibles orígenes, ya que en los restos arqueológicos hallados no se ha detectado nada sobre sus primeras denominaciones, probablemente incas. Hay que remontarse a partir de cuando Fray Tomás de Berlanga las descubriese por una pura casualidad cuando se dirigía a Perú. En ese momento estaban deshabitadas.
En las primeras cartografías en que aparecen como tales son las realizadas por Abraham Ortelius y Mercator en el siglo XVI que figuran con el nombre de Insulae de los Galopegos, muy próximo al actual. Sin embargo pasaron a denominarse Islas Encantadas porque, según los españoles, aparecían y desaparecían por el efecto de la niebla e incluso, algunos pensaban que desaparecían y aparecían por arte de magia.
En 1832, Ecuador pasó a hacerse cargo de las islas y las denominó como archipiélago de Colón, que realmente es el nombre oficial, si bien pertenece a la Provincia de Galápagos, mientras que se las conoce como Islas Galápagos.